Medical Corporation

認定医療法人への移行支援

認定医療法人とは、持分あり医療法人が持分なしへ移行する計画について厚生労働大臣の認定を受けた法人です。認定を受けると出資持分にかかる相続税と贈与税の納税が猶予され、持分の全部を放棄した場合に猶予税額が免除されます。認定申請の期限は2029年12月31日で、認定を受けたあと移行にかけられる期間は5年です。当事務所は移行計画の認定申請と、移行が完了したあと6年間の報告を担います。

本ページは厚生労働省「持分なし医療法人への移行に関する手引書」（令和8年3月改訂）、および医療法施行規則附則にもとづきます。最終確認日 2026-08-05。制度の内容は法令の改正により変わりますので、手続きにあたっては必ず最新の手引書をご確認ください。

こんなご相談をいただきます

先送りすると何が積み上がるか

出資持分は法人の財産ではなく、出資した方個人の財産です。法人が成長して純資産が増えるほど持分の評価は上がり、そのまま相続の対象になります。相続がいつ起きるかは誰にも読めません。評価が上がりきってから考え始めると、選べる手は減ります。不慮の相続等が発生してしまう前にあらかじめ移行を終えておくことが重要である、というのが手引書の立場です。

出資者が複数いる法人には、もうひとつ別の負担があります。出資者は持分の払戻しを請求でき、請求があれば法人はその資金を用意することになりますが、持分なしへ移行すればこの請求も止まります。

移行すると課税の扱いがどう変わるか

猶予と免除は別のものです。認定を受けた時点では猶予にとどまり、持分の全部を放棄した時点で免除されます。

出典：厚生労働省「持分なし医療法人への移行に関する手引書」（令和8年3月改訂）。放棄の場合だけは認定が先に必要で、相続が起きた場合の申告期限までという扱いとは条件が違います。

認定を受けるための運営要件

運営要件は医療法施行規則附則第57条の2第1項に9つ定められています。通常の運営で満たしているものが多く、決算書で実際に判定するのは数値の2つです。

上の5つは9つの要件のうち主なものです（出典：医療法施行規則附則第57条の2第1項、厚生労働省「持分なし医療法人への移行に関する手引書」（令和8年3月改訂））。これらは認定の時点だけでなく、移行が完了してから6年を経過するまで満たし続ける必要があります。

手続きの相手と期間の目安

認定は国、定款変更の認可は都道府県で提出先が分かれます。当事務所が担う申請については、お客様の窓口はひとつです。認定までの約3か月は令和7年度の実績（厚生労働省「持分なし医療法人への移行に関する手引書」（令和8年3月改訂））、東京都の約3か月は東京都保健医療局「医療法人運営の手引」令和8年4月版によります。

進め方

1. 0 無料

   STEP0 適格判定

   直近3期分の貸借対照表と損益計算書をお預かりし、数値の2要件に届いているかを判定して書面でご報告します。届かないと分かった時点でお伝えし、費用はいただきません。

2. 1 認定まで約3か月

   STEP1 移行計画と認定申請

   移行計画、認定申請書、出資者名簿、要件該当説明書類を作成し、社員総会に必要な書式をご用意したうえで厚生労働大臣へ提出します。提出はメールで足りるため、窓口へ出向く必要はありません。

3. 2 認定から5年以内

   STEP2 持分処分の書面

   出資持分の放棄申出書を整え、処分の日から3か月以内の処分報告と、認定日から1年ごとの進捗状況報告を提出します。出資者との交渉と紛争への対応は行いません。

4. 3 認可まで約3か月

   STEP3 移行完了

   社員総会の議決を経て都道府県知事へ定款変更の認可を申請し、認可の日から3か月以内に実施状況報告を提出します。ここで移行が完了します。

段階ごとにお引き受けします。先にすべてをお決めいただく必要はなく、無料の適格判定の結果を見てから次をお決めいただけます。

移行したあとの報告

運営状況報告は移行が完了してから6年を経過するまで続き、6年目だけは移行完了日から5年10か月以内という前倒しの期限になります。6年が過ぎると認定の効力は消滅し、報告も要件の充足も不要になります（医療法施行規則附則第60条第5項、厚生労働省「持分なし医療法人への移行に関する手引書」（令和8年3月改訂））。期限のない義務ではないので、負担の総量を先に読めます。

着手前に押さえておくこと

費用

段階ごとにお見積りをお出しします。STEP4の運営状況報告は年額で、移行が完了してから6年で終わります。なお当事務所の報酬とは別に、税理士と司法書士の報酬、登記などの実費が必要です。

ご依頼の流れを見る